Ligue o forno à temperatura média (180°C).
Unte um tabuleiro de muffins com capacidade para 12 unidades, com manteiga derretida ou óleo.
Se preferir, forre as cavidades com forminhas de papel.
Numa frigideira, aqueça o óleo e frite o bacon até ficar dourado e crocante.
Retire da frigideira e coloque sobre a toalha de papel.
Na mesma frigideira, refogue a cebola na gordura do bacon, até ficar macia e levemente dourada.
Retire do fogo, deixe esfriar ou esfrie num banho-maria de gelo. Reserve.
Peneire as farinhas e sal num bowl e misture o tomilho.
Faça uma cavidade no centro, formando um vulcão.
Numa tigela, misture os ovos e o leite e coloque na cavidade dos ingredientes secos.
Junte a manteiga derretida, o bacon e a cebola e mexa (Não mexa demais para manter os grumos).
Distribua a massa nas forminhas em cerca de ¾ de sua capacidade.
Leve ao forno por cerca de min, ou até que ao enfiar um palito no centro dos muffins ele saia seco e limpo.
Retire do forno e deixe descansar na fôrma por 5 min, para finalizar a cocção.
Desenforme e deixe-os resfriar completamente sobre uma grelha.